Ο Ιωάννης Μ. Ακαμάτης γεννήθηκε το 1949 στην Παλαιόπολητης Σαμοθράκης. Σπούδασε στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης στη συνέχεια έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στο Ινστιτούτο Καλών Τεχνών του Πανεπιστημίου της Νέας Υόρκης. Το 1986 αναγορεύτηκε διδάκτωρ και εντάχθηκε στο τακτικό διδακτικό προσωπικό του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας του ΑΠΘ. Για 30 χρόνια, ως το 2016, ήταν καθηγητής στην έδρα της Κλασικής Αρχαιολογίας.
Το κύριο ερευνητικό έργο του επικεντρώθηκε στην Αγορά της Πέλλας όπου διηύθυνε επί σειρά ετών την πανεπιστημιακή ανασκαφή συμβάλλοντας καθοριστικά στη συντήρηση και ανάδειξη του αρχαιολογικού χώρου. Σε έκταση 70.000 τ.μ., στο κτιριακό συγκρότημα της αρχαίας Αγοράς, που άκμασε τα ελληνιστικά χρόνια, επικεντρωνόταν η μεγάλη παραγωγική δραστηριότητα της Πέλλας.
Παράλληλα, ο Γιάννης Ακαμάτης δίδαξε και έδωσε διαλέξεις σε μεγάλα εκπαιδευτικά ιδρύματα του εξωτερικού συμπεριλαμβανομένων των Πανεπιστημίων της Οξφόρδης, του Stanford και του Berkeley. Υπήρξε μέλος στο ΔΣ του Τελλογλείου, μέλος της εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας και τοπικών Συμβουλίων Μνημείων. Το πλούσιο συγγραφικό του έργο περιλαμβάνει μονογραφίες και επιστημονικά άρθρα με επίκεντρο την τοπογραφία, την αρχιτεκτονική και την κεραμική στη Μακεδονία.
Ήταν σύζυγος της επίσης καθηγήτριας Κλασικής Αρχαιολογίας και αρχαιολόγου Μαρίας Λιλιμπάκη-Ακαμάτη, επί σειρά ετών προϊσταμένης της Εφορείας Αρχαιοτήτων Πέλλας, ενώ και ο γιος τους Νίκος είναι αρχαιολόγος.
Πληροφορούμενη την απώλεια του σπουδαίου αρχαιολόγου, η Υπουργός Πολιτισμού Λίνα Μενδώνη έκανε την ακόλουθη δήλωση:
«Με βαθιά θλίψη πληροφορήθηκα την απώλεια του Γιάννη Ακαμάτη, ενός διακεκριμένου επιστήμονα που διέγραψε σημαντικότατη τροχιά στην έρευνα και τηδιδασκαλία. Διαπρεπής πανεπιστημιακός, ο Γιάννης Ακαμάτης διέπλασε γενιέςολόκληρες επιστημόνων στο πεδίο της Κλασικής Αρχαιολογίας και λάμπρυνε τηΦιλοσοφική Σχολή του ΑΠΘ. Ενώ ως άνθρωπος του πεδίου, συνδέθηκε με τηνανασκαφική έρευνα στην Αρχαία Πέλλα, χωρίς ποτέ να αποστρέψει το βλέμμα απότις ανασκαφές στη γενέτειρά του, τη Σαμοθράκη. Σε κάθε του θέση και με κάθε τουιδιότητα, ο Γιάννης Ακαμάτης επέδειξε σπάνια αφοσίωση στην επιστήμη, αλλά καιξεχωριστό ήθος. Είχα την τύχη να τον γνωρίσω προ πολλών ετών. Οι συζητήσεις μαζίτου είχαν πάντοτε νόημα και περιεχόμενο.Στην αγαπητή Μαρία, στον Νίκο, στους πολυάριθμους φίλους και μαθητές του εκφράζω ειλικρινέστατα συλλυπητήρια».
Την προσφορά και τη μνήμη του Ι.Μ. Ακαμάτη τιμά το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του ΑΠΘ που εξέδωσε ψήφισμα.
