Πρώτα - πρώτα ήταν επιτελάρχης και έμπιστος του σωματάρχη του Γ΄ΣΣ Γεωργίου Τσολάκογλου. Ως γνωστόν ο Γ. Τσολάκογλου, μαζί με τους άλλους δύο σωματάρχες, παρέκαμψαν τον διοικητή Στρατιάς Ηπείρου Ι. Πιτσίκα και υπέγραψαν συνθηκολόγηση με τα γερμανικά στρατεύματα εισβολής παρά την περί αντιθέτου διαταγή του Αλέξανδρου Παπάγου. Στην συνέχεια ο μεν Τσολάκογλου έγινε ο πρώτος κατοχικός πρωθυπουργός με την έγκριση των πολιτικών σχεδόν όλων των αστικών κομμάτων και ο Χρυσοχόου διορίστηκε Γενικός Επιθεωρητής Νομαρχιών Κεντρικής και Δυτικής Μακεδονίας. Δύο ήταν οι στόχοι του: πρώτος και σημαντικότερος, η καταπολέμηση της βουλγαρικής και ρουμανοβλάχικης προπαγάνδας και ο δεύτερος ήταν η αποθάρρυνση των αντιστασιακών πρωτοβουλιών, διότι εκτιμούσε πως θα αποδυνάμωναν τον πρώτο στόχο.
Είχε επαφή με την εξόριστη ελληνική κυβέρνηση διότι και αυτή αναγνώριζε πόσο σημαντική ήταν για την εδαφική ακεραιότητα της Ελλάδας η αντιμετώπιση των αποσχιστικών κηρυγμάτων του βουλγαρικού και του ρουμανικού κομιτάτου. Σε αυτό το πλαίσιο και με δεδομένη τη θέση του ΚΚΕ κατά τον Μεσοπόλεμο για το Μακεδονικό, ανέπτυξε αντικομμουνιστική δράση και αποτελούσε σταθερό στόχο της ΟΠΛΑ. Όμως ήρθε σε σύγκρουση και με τους αξιωματικούς της αντιστασιακής οργάνωσης ΠΑΟ οι οποίοι ήθελαν την ένοπλη αντίσταση κατά των Γερμανών.
Στα τέλη του 1942 o Xρυσοχόου ξεκινά τη συνεργασία του με την κατασκοπευτική οργάνωση «Ζευς» και λίγο αργότερα, στα μέσα του 1943, παραιτείται διότι οι γερμανικές Αρχές Κατοχής του απαγόρευσαν την απευθείας επικοινωνία με τη δωσιλογική κυβέρνηση Ράλλη. Οι βρετανικές μυστικές υπηρεσίες, επειδή έχουν ανάγκη τις πληροφορίες του, τον πιέζουν και τελικά ανακαλεί την παραίτησή του. Λίγο πριν από την αποχώρηση των ναζιστικών στρατευμάτων από την Ελλάδα η κυβέρνηση τον διορίζει Γενικό Διοικητή Μακεδονίας, μια θέση που αποποιείται. Όμως τοπικοί παράγοντες, πολιτικοί των αστικών κομμάτων και ο Μητροπολίτης Γεννάδιος, θεωρούν πως σε αυτή την τόσο κρίσιμη φάση η παρουσία του Χρυσοχόου σε αυτήν τη θέση θα βοηθήσει στην αποφυγή δυσάρεστων εξελίξεων. Ο Χρυσοχόου αναλαμβάνει τα νέα του καθήκοντα και το πρώτο μέλημά του είναι να απομακρυνθούν από τη Θεσσαλονίκη οι ένοπλες εθνικιστικές ομάδες και οι γερμανοντυμένες συμμορίες των Δάγκουλα, Πούλου και Βήχου, για να αποφευχθεί και η αδελφοκτόνος σύγκρουση και οι καταστροφές στην πόλη. Στο πλευρό του ο απεσταλμένος της κυβέρνησης Παπανδρέου, στρατηγός Παπαγεωργίου.
Με την αποχώρηση των γερμανικών στρατευμάτων αρχίζει η περίοδος της Εαμοκρατίας. Ο Α. Χρυσοχόου αποτελεί τον κύριο στόχο των κομμουνιστών, το γνωρίζει και φροντίζει για την παράδοσή του με εγγυητή για τη ζωή του πρόσωπο κοινής εμπιστοσύνης. Ας δούμε πώς περιγράφει αυτή τη σκηνή ο Στρατής Αναστασιάδης στο βιβλίου του «Από την αντίσταση στη διάψευση»( εκδ. ΕΠΙΚΕΝΤΡΟ 2013). Ο Αναστασιάδης, αν και νεαρός σε ηλικία, μόλις 25 ετών τότε, ήταν ουσιαστικά το Νο 3 από πλευράς ισχύος στη Θεσσαλονίκη μετά τον Βασβανά, γραμματέα της κομματικής οργάνωσης του ΚΚΕ και τον διοικητή της Πολιτοφυλακής, τον Γιώργο Κοντογιώργο. Ο Αναστασιάδης αποφάσιζε για τη ζωή και τον θάνατο όλων όσοι διέμεναν πάνω από την Εγνατία. Γράφει λοιπόν: «Ένα ακόμα αξιόλογο περιστατικό δύο μέρες πριν από την απελευθέρωση, στις 28/10/, παραδόθηκε επίσημα στην Πολιτοφυλακή ο εθνοπροδότης συνταγματάρχης Χρυσοχόου…τον Χρυσοχόου τον πήγαν αμέσως στο Δημοτικό Νοσοκομείο γιατί δεν ένιωθε καλά, και ο πολιτικός υπεύθυνος της Πολιτοφυλακής Θεσσαλονίκης ο αξέχαστος αγωνιστής Γιώργος Κοντογιώργης ( ψευδώνυμο Παύλος)…ήρθε στο αρχηγείο μας επάνω στην Πορτάρα και μου ζήτησε να του δώσω 4-5 παλικάρια από το Σύνταγμά μας για να φρουρήσουν τον Χρυσοχόου στο Δημοτικό Νοσοκομείο, αλλά και να τον διαφυλάξουν, μήπως γίνει καμιά επίθεση εναντίον του. ‘Εδωσα στον Παύλο αμέσως πέντε Εφεδροελασίτες που πήγαν μαζί στο Νοσοκομείο. Τη νύχτα μου τηλεφώνησαν οι Εφεδροελασίτες από το Νοσοκομείο και ανέφεραν ότι μια ένοπλη ομάδα πιθανώς από τον λόχο μας στη Συνοικία της Ευαγγελίστριας τους επιτέθηκε και τους πυροβολούσε, ζητώντας να παραδώσουν σε αυτούς τον Χρυσοχόου. Έτρεξα αμέσως στον Συνοικισμό της Ευαγγελίστριας, βρήκα τον διοικητή του λόχου μας που ήταν ο συνάδελφος γεωπόνος Γεράσιμος Πετράτος…Διευθετήθηκε αμέσως το ζήτημα» ( σελ. 87).
Στη συνέχεια ο Χρυσοχόου αποτέλεσε μέλος της πορείας θανάτου προς την Αρδέα. Από τους 1250 ομήρους, περίπου 600 εκτελέστηκαν είτε στο δρόμο είτε από λαϊκά δικαστήρια. Και πάλι τον Χρυσοχόου δεν τον πείραξαν. Αυτό δείχνει ότι και η ηγεσία του ΚΚΕ γνώριζε τις σχέσεις του με το Στρατηγείο της Μ. Ανατολής και τον προστάτευσε, ενώ θα μπορούσε κάλλιστα να τον είχε εκτελέσει. Στις 31 Μαϊου 1945 το Συμμαχικό Στρατηγείο, με βεβαίωσή του, πιστοποιούσε τη συνεργασία τους, κάτι που συνέβαλε στην έκδοση τριών απαλλακτικών βουλευμάτων από το Συμβούλιο Εφετών και την οριστική απαλλαγή του με απόφαση του Δικαστικού Συμβουλίου στις 25/5/1948.
Παρέθεσα γεγονότα, από διάφορες πηγές, αποφεύγοντας κατά το δυνατόν κρίσεις, ώστε ο αναγνώστης να εξαγάγει μόνος του τα συμπεράσματά του.
